Au moment où la THIRD-i, une unité anti-terroriste de la police japonaise, reçoit des informations sur un étrange incident en Russie, une organisation terroriste menace de faire disparaitre Tokyo à l'aide d'un nouveau virus.

Fujimaru est un lycéen en apparence tout ce qu'il y a de plus normal. Mais il est aussi Falcon, le meilleur hacker du Japon, et en raison de ses antécédents de pirate informatique il va se retrouver obligé d'aider la THIRD-i dans laquelle travaille d'ailleurs son père. Celui-ci est bientôt contraint de disparaitre car il est accusé du meurtre de son supérieur. Fujimaru se retrouve seul à devoir protéger sa sœur qui devient la cible des terroristes qui l'utilisent pour le contraindre à les aider.

Pris entre une THIRD-i qui semble infiltrée par un ou des espions, des terroristes menés par un certain J qui se jouent de lui et une nouvelle professeure très suspecte, Fujimaru tente de retrouver son père et de lutter contre le virus BLOODY-X.

Pendant ce temps-là, un homme qui semble avoir d'étranges pouvoirs est enfermé en prison, mais peut-être pas pour très longtemps.